La Junta General, presidida por la presidenta del BCE, Christine Lagarde, es el órgano rector de la JERS. En sus reuniones se debate la evolución macroprudencial y, cuando resulta necesario, formula recomendaciones o emite avisos.
El Comité Director presta asistencia a la Junta General preparando sus reuniones. Revisa los análisis presentados por los órganos consultivos (Comité Técnico Consultivo y Comité Científico Consultivo) y debate la agenda de política macroprudencial de la JERS.
El Comité Técnico Consultivo presta asesoramiento y asistencia sobre cuestiones relacionadas con el trabajo de la JERS.
El Comité Científico Consultivo lleva a cabo actividades de investigación cuyos resultados se toman en cuenta en las decisiones macroprudenciales de la Junta General y se publican en los informes periódicos. También está a cargo de los documentos de trabajo de la JERS (Working Paper Series) y de la organización del premio de investigación leke van der Burg.
La Secretaría es responsable de la gestión diaria de la JERS y ofrece apoyo administrativo, analítico y estadístico a los comités de la JERS.